滨城市的巨大毒刺水母。
有的本身身体构造变异，如水晶大岩蛇。有的是通过人为实验变异，胡飞手中的可以自由进化、退化的伊布，将来愤怒之湖之中的红色愤怒暴鲤龙等。
还有些活得年代久远，已经产生了灵智，也勉强算得上变异。例如少女峡附近的那只鬼斯通。
和口袋妖怪的游戏中不同，变异神奇宝贝在这个世界中都有着突变的属性值，通常变异的神奇宝贝，都有着类神兽的强劲实力。
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